Toàn cảnh về thanh tra thuế tại Việt Nam｜Những rủi ro và biện pháp ứng phó doanh nghiệp Nhật Bản cần biết

Luật sư được cấp phép hành nghề tại Nhật Bản, đồng thời là luật sư nước ngoài hành nghề tại Việt Nam

Mori Kazuya - Cố vấn cao cấp của Văn phòng (phụ trách pháp luật Nhật Bản)

Luật sư điều hành chúng tôi
Luật sư Việt Nam
Hòa giải viên - Người quản lý/thanh lý tài sản phá sản - Kiểm soát viên độc lập

Mục lục
01 - Thanh tra thuế: Phân loại và ảnh hưởng đối với doanh nghiệp
02 - Các loại hình thanh tra thuế và đặc điểm
03 - Thủ tục thanh tra thuế và biện pháp ứng phó của doanh nghiệp
04 - Quyền của doanh nghiệp trong thanh tra thuế và cách vận dụng
05 - Doanh nghiệp nào trở thành đối tượng thanh tra thuế? Giải thích cơ chế đánh giá rủi ro

Luật sư Việt Nam giải thích dễ hiểu về quy trình cơ bản, những lưu ý và rủi ro xử phạt trong thanh tra thuế tại Việt Nam. Bài viết đề cập cụ thể đến các điểm trọng tâm mà cơ quan thuế thường kiểm tra và những vấn đề doanh nghiệp Nhật Bản dễ gặp phải như chuyển giá, quản lý hóa đơn, chi phí tiếp khách, đồng thời đưa ra các thực hành tốt nhất ở từng giai đoạn: chuẩn bị trước, tiến hành thanh tra thực địa và xử lý sau thanh tra. Chúng tôi có nhiều kinh nghiệm hỗ trợ thanh tra thuế trên khắp các địa phương tại Việt Nam, phối hợp cùng chuyên gia thuế và kiểm toán viên nhằm giảm thiểu rủi ro truy thu và duy trì uy tín cho doanh nghiệp. Chúng tôi có thể hỗ trợ toàn diện từ rà soát trước, xử lý khắc phục cho đến hỗ trợ đàm phán.

Trong những năm gần đây, hoạt động thanh tra thuế tại Việt Nam ngày càng được siết chặt, kéo theo rủi ro mà doanh nghiệp phải đối mặt cũng gia tăng. Thanh tra thuế là quy trình kiểm tra do cơ quan thuế Việt Nam thực hiện nhằm xác minh tính đúng đắn trong việc kê khai và nộp thuế của doanh nghiệp.

Tại Việt Nam, thanh tra thuế không chỉ được thực hiện theo kế hoạch mà các cuộc thanh tra đột xuất cũng đang gia tăng. Do đó, doanh nghiệp cần chủ động thực hiện các biện pháp phù hợp và tăng cường công tác tuân thủ thuế. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết các loại hình thanh tra thuế, quy trình thực hiện, biện pháp ứng phó mà doanh nghiệp có thể áp dụng, và những điểm mấu chốt để phòng tránh rủi ro.

01 - Thanh tra thuế: Phân loại và ảnh hưởng đối với doanh nghiệp

1.1. Phân loại thanh tra thuế

Thanh tra tại Việt Nam được chia thành hai loại lớn: "Thanh tra hành chính" và "Thanh tra chuyên ngành".

1.1.1 Thanh tra hành chính là gì?

Thanh tra hành chính là hoạt động kiểm tra nhằm giám sát việc tuân thủ quy định nội bộ của các cơ quan nhà nước. Mục đích chính bao gồm:

Xác nhận tình hình thực hiện công vụ của cơ quan nhà nước
Kiểm tra tính hợp pháp của các quyết định hành chính
Phát hiện các vi phạm về giấy phép và hành vi gian lận (ví dụ: cấp phép đầu tư trái quy định, cấp phép do nhận hối lộ...)

👉 Ảnh hưởng đối với doanh nghiệp

Trên thực tế, nhiều dự án đầu tư và việc cấp quyền sử dụng đất đã bị thu hồi do vi phạm được phát hiện qua thanh tra hành chính. Đặc biệt, đối với các doanh nghiệp đang cân nhắc thực hiện M&A (mua bán, sáp nhập doanh nghiệp), việc thận trọng xác minh xem doanh nghiệp mục tiêu có từng vi phạm trong quá khứ hay không là điều rất quan trọng. Việc thu hồi giấy phép do vi phạm hành chính bị phát hiện qua thanh tra có thể tạo ra rủi ro lớn cho hoạt động kinh doanh sau khi thực hiện M&A.

1.2. Thanh tra chuyên ngành là gì?

Thanh tra chuyên ngành là hoạt động kiểm tra việc tuân thủ pháp luật, quy định theo từng ngành, lĩnh vực cụ thể. Các loại thanh tra chuyên ngành tiêu biểu bao gồm:

Loại hình thanh tra

Nội dung

Thanh tra thuế (Thanh tra thuế)

Kiểm tra việc kê khai thuế, tình hình nộp thuế, phòng chống trốn thuế

Thanh tra hải quan (Thanh tra hải quan)

Giám sát tính hợp pháp trong hoạt động xuất nhập khẩu

Thanh tra tài chính (Thanh tra tài chính)

Kiểm tra báo cáo kế toán, tài chính của doanh nghiệp

Thanh tra môi trường (Thanh tra môi trường)

Xác nhận việc tuân thủ tiêu chuẩn bảo vệ môi trường

Thanh tra an toàn lao động (Thanh tra an toàn lao động)

Điều tra môi trường lao động và việc bảo vệ quyền lợi của người lao động

👉 Ảnh hưởng đối với doanh nghiệp

Kết quả thanh tra chuyên ngành có thể khiến doanh nghiệp phải chịu các chế tài nghiêm khắc như phạt tiền, truy thu thuế, đình chỉ hoạt động. Đặc biệt đối với thanh tra thuế, nội dung kê khai của nhiều năm trước có thể bị rà soát lại, do đó doanh nghiệp cần thực hiện quản lý thuế đúng đắn.

02 - Các loại hình thanh tra thuế và đặc điểm

Thanh tra thuế tại Việt Nam được chia thành ba loại lớn: (1) thanh tra theo kế hoạch, (2) thanh tra thường xuyên, (3) thanh tra đột xuất. Việc hiểu rõ đặc điểm của từng loại và chuẩn bị biện pháp ứng phó phù hợp là điều quan trọng đối với doanh nghiệp.

2.1.　Thanh tra theo kế hoạch (Thanh tra theo kế hoạch)

Thanh tra theo kế hoạch là hình thức thanh tra được thực hiện dựa trên chương trình thanh tra do cơ quan thuế lập sẵn từ trước. Loại thanh tra này được xây dựng như một kế hoạch hằng năm và thông thường doanh nghiệp mục tiêu sẽ được thông báo trước.

🔍 Đặc điểm

✔ Có thông báo trước: doanh nghiệp được thông báo trước về việc trở thành đối tượng thanh tra thuế, do đó có thời gian để chuẩn bị.
✔ Lựa chọn dựa trên tiêu chí nhất định: xem xét tình hình tài chính, ngành nghề, lịch sử kê khai thuế trong quá khứ của doanh nghiệp.
✔ Yêu cầu tuân thủ thuế: kiểm tra trọng tâm việc ghi chép sổ sách và báo cáo tài chính có chính xác hay không.

2.2．Thanh tra thường xuyên (Thanh tra thường xuyên)

Thanh tra thường xuyên là hoạt động kiểm tra định kỳ do cơ quan thuế (Tổng cục Thuế hoặc Cục Thuế địa phương) thực hiện.
Đặc biệt, tình hình nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT), thuế giá trị gia tăng (VAT), thuế thu nhập cá nhân (PIT) sẽ được kiểm tra.

🔍 Đặc điểm

✔ Tần suất khác nhau theo ngành nghề: các ngành thuộc diện giám sát trọng điểm (xuất nhập khẩu, xây dựng, bán lẻ...) có tần suất thanh tra cao hơn.
✔ Thanh tra dựa trên phân tích dữ liệu: đánh giá tính nhất quán giữa báo cáo tài chính và tờ khai thuế.
✔ Rủi ro tương đối thấp: nếu không có vi phạm lớn, thường chỉ cần điều chỉnh nhỏ là đủ.

2.3.　Thanh tra đột xuất (Thanh tra đột xuất)

Thanh tra đột xuất là hình thức thanh tra áp dụng đối với doanh nghiệp bị nghi ngờ có vi phạm hoặc có điểm đánh giá rủi ro thuế cao.
Thông thường, thanh tra đột xuất được thực hiện trong các trường hợp sau đây.

📌 Các nguyên nhân chính dẫn đến thanh tra đột xuất

Có tố giác nặc danh hoặc tố cáo nội bộ (ví dụ: báo cáo từ nhân viên hoặc đối tác giao dịch)
Phát hiện giao dịch bất thường (ví dụ: doanh thu tăng giảm đột biến trong thời gian ngắn)
Kết quả đánh giá rủi ro thuế cho điểm cao (ví dụ: doanh nghiệp từng có vi phạm thuế trong quá khứ)
Trở thành đối tượng thanh tra như một phần của việc điều tra doanh nghiệp liên quan

🔍 Đặc điểm

✔ Không có thông báo trước: doanh nghiệp có thể bị thanh tra mà không được báo trước.
✔ Rủi ro cao: nếu phát hiện vi phạm thuế, có khả năng bị truy thu thuế và xử phạt với số tiền lớn.
✔ Có thể truy xét ngược nhiều năm trước: thanh tra thuế thông thường có thể kiểm tra giao dịch trong vòng 5 năm gần nhất.

03 - Thủ tục thanh tra thuế và biện pháp ứng phó của doanh nghiệp

Quy trình thanh tra thuế

Biện pháp doanh nghiệp cần thực hiện

① Lập và phê duyệt kế hoạch thanh tra

Khi kế hoạch thanh tra được phê duyệt, cán bộ thuế phụ trách đã nắm được thông tin kê khai thuế v.v. của doanh nghiệp. Do đó, việc duy trì liên lạc thường xuyên với cơ quan thuế có thể giúp doanh nghiệp nắm được thông tin từ sớm.

② Thông báo, công bố kế hoạch thanh tra

Kế hoạch thanh tra ghi rõ đoàn thanh tra (người phụ trách, thành viên), phạm vi thanh tra, lịch trình. Trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp sẽ nắm được kế hoạch ở giai đoạn này và nên bắt đầu chuẩn bị.

③ Xây dựng phương án thanh tra và yêu cầu doanh nghiệp báo cáo

Nếu nội dung thanh tra phức tạp, cơ quan thuế sẽ gửi trước phương án thanh tra chi tiết cho doanh nghiệp và yêu cầu báo cáo. Doanh nghiệp cần rà soát kỹ phương án này, trao đổi với các chuyên gia thuế (kế toán viên, luật sư, kiểm toán viên) để chuẩn bị.

④ Thông báo chính thức quyết định thanh tra

Quyết định thanh tra được thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp, cuộc thanh tra chính thức bắt đầu. Ở giai đoạn này, doanh nghiệp cần điều chỉnh lịch trình nội bộ để có thời gian chuẩn bị.

⑤ Công bố quyết định thanh tra

Quyết định thanh tra thuế được lập thành văn bản, đại diện phía doanh nghiệp (người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền) cần ký xác nhận.

⑥ Thu thập thông tin, tài liệu

Điểm cần lưu ý đối với doanh nghiệp:
✔ Chỉ định một người phụ trách làm đầu mối liên hệ với cơ quan thuế.
✔ Đảm bảo tính nhất quán, không mâu thuẫn giữa các tài liệu nộp trong nội bộ công ty.
✔ Không nộp những tài liệu không cần thiết (chỉ cung cấp đúng thông tin cơ quan thuế yêu cầu).
✔ Khi cung cấp thông tin, cần dựa trên văn bản chính thức và lưu lại hồ sơ.

⑦ Tiến hành thanh tra

Điểm cần lưu ý khi tiến hành thanh tra thực địa:
✔ Bố trí không gian làm việc riêng cho cán bộ thuế.
✔ Điều chỉnh để cuộc thanh tra không ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh thường ngày.

⑧ Tổng hợp kết quả thanh tra

Điểm cần lưu ý đối với doanh nghiệp:
✔ Trình bày ý kiến, giải thích của doanh nghiệp trước khi nhận báo cáo tổng kết cuối cùng.
✔ Nếu có khả năng phát sinh quyết định xử lý thuế, cần trao đổi với chuyên gia thuế để quyết định phương án ứng phó cuối cùng.

⑨ Công bố kết quả thanh tra và quyết định xử phạt hành chính

Điểm quan trọng: sau khi kết quả thanh tra được công bố, doanh nghiệp không thể khiếu nại trực tiếp về kết quả đó. Nếu không đồng ý với nội dung, doanh nghiệp cần khiếu nại thông qua con đường tố tụng hành chính.

04 - Quyền của doanh nghiệp trong thanh tra thuế và cách vận dụng

Trong thanh tra thuế tại Việt Nam, doanh nghiệp được pháp luật công nhận một số quyền nhất định. Việc vận dụng hợp lý các quyền này giúp đảm bảo cuộc thanh tra được tiến hành công bằng và tránh gánh nặng thuế không đáng có. Cụ thể như sau.

📌 Quyền của doanh nghiệp và biện pháp ứng phó thực tiễn

Quyền của doanh nghiệp

Biện pháp ứng phó thực tiễn

① Quyền giải trình về các vấn đề liên quan đến thanh tra thuế

Doanh nghiệp có quyền khẳng định tính hợp lý của mình và giải trình có căn cứ đối với các vấn đề bị chỉ ra trong quá trình thanh tra. Trường hợp cách hiểu của cán bộ thanh tra khác với doanh nghiệp, cần đưa ra giải thích hợp lý, có tham khảo ý kiến của chuyên gia thuế (kế toán viên, luật sư).

② Quyền khiếu nại/bảo lưu ý kiến đối với biên bản thanh tra

Nếu không đồng ý với nội dung biên bản thanh tra, doanh nghiệp có thể ghi rõ ý kiến của mình bằng văn bản và lưu lại như hồ sơ chính thức.
→ Biện pháp: để làm rõ lập trường của doanh nghiệp, cần phối hợp với chuyên gia thuế để chuẩn bị ý kiến có căn cứ logic và pháp lý.

③ Quyền từ chối cung cấp thông tin không liên quan đến nội dung thanh tra

Trong số các thông tin cơ quan thuế yêu cầu, có thể có những nội dung nằm ngoài phạm vi thanh tra.
→ Biện pháp: xác nhận thông báo chính thức về "mục đích, phạm vi thanh tra" và dựa vào đó để quyết định có cần cung cấp thông tin hay không.

④ Quyền khiếu nại đối với thủ tục thanh tra không phù hợp (khiếu nại hành chính)

Nếu trong quá trình thanh tra có hành vi trái pháp luật (ví dụ: gia hạn thời gian thanh tra không hợp lý, áp dụng chế tài không thỏa đáng...), doanh nghiệp có quyền khiếu nại chính thức.

⑤ Quyền yêu cầu bồi thường thiệt hại

Nếu doanh nghiệp bị thiệt hại về tài chính do hành vi thanh tra trái pháp luật của cơ quan thuế, doanh nghiệp có thể yêu cầu bồi thường thiệt hại.
→ Biện pháp: ghi chép chi tiết tình hình thiệt hại của doanh nghiệp, phối hợp với luật sư để xem xét biện pháp pháp lý khi cần thiết.

⑥ Quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của cán bộ thanh tra thuế

Nếu cán bộ thanh tra lạm dụng quyền hạn, đưa ra yêu cầu hoặc gây áp lực không phù hợp, doanh nghiệp có quyền tố cáo chính thức với cơ quan giám sát.

📌 Những điểm doanh nghiệp cần chuẩn bị để ứng phó với thanh tra thuế

✅ Phân tích rủi ro thuế từ trước và thực hiện quản lý sổ sách, kiểm toán nội bộ phù hợp.
✅ Làm rõ phạm vi thanh tra, tránh cung cấp thông tin không cần thiết.
✅ Phối hợp với kế toán viên, luật sư để chuẩn bị bảo vệ lập trường của doanh nghiệp về mặt pháp lý.
✅ Nếu không đồng ý với kết quả thanh tra, tiến hành khiếu nại hoặc thủ tục pháp lý phù hợp.

Doanh nghiệp không nên bị động trong thanh tra thuế, mà cần chủ động thực hiện các quyền của mình để đảm bảo cuộc thanh tra diễn ra công bằng. Đặc biệt, cách ứng xử trong quá trình thanh tra ảnh hưởng rất lớn đến rủi ro thuế về sau, do đó cần thận trọng phối hợp cùng kế toán viên và luật sư.

05 - Doanh nghiệp nào trở thành đối tượng thanh tra thuế? Giải thích cơ chế đánh giá rủi ro

Thanh tra thuế là một sự kiện mà doanh nghiệp nào cũng muốn tránh, nhưng không phải doanh nghiệp nào cũng trở thành đối tượng thanh tra. Cơ quan thuế Việt Nam ưu tiên lựa chọn các doanh nghiệp có khả năng vi phạm thuế cao hoặc lâu chưa được thanh tra, dựa trên các tiêu chí đánh giá rủi ro. Dưới đây là phần giải thích cụ thể về cách thức cơ quan thuế xác định doanh nghiệp là đối tượng thanh tra, cùng các tiêu chí và phương pháp đánh giá.

5.1．Thanh tra thuế là một phần của "hậu kiểm"

Thanh tra thuế được thực hiện nhằm xác minh sau (hậu kiểm) tính đúng đắn của thông tin nộp thuế do doanh nghiệp tự kê khai. Tuy nhiên, vì việc thanh tra toàn bộ doanh nghiệp là không khả thi trên thực tế, cơ quan thuế xác định đối tượng thanh tra dựa trên hệ thống chấm điểm rủi ro.

📌 Các trường hợp chính trở thành đối tượng thanh tra:

✅ Doanh nghiệp có khả năng vi phạm pháp luật thuế cao
✅ Doanh nghiệp lâu chưa được thanh tra
✅ Doanh nghiệp có chỉ số tài chính hoặc dữ liệu thuế bất thường

5.2.　Các tiêu chí đánh giá rủi ro trong thanh tra thuế (9 chỉ số chính)

Cơ quan thuế sử dụng 9 chỉ số đánh giá để chấm điểm mức độ rủi ro của doanh nghiệp. Doanh nghiệp có điểm số cao dựa trên các chỉ số này sẽ trở thành đối tượng của thanh tra theo kế hoạch hoặc thanh tra đột xuất.

🔎 9 chỉ số đánh giá rủi ro chính

STT

Tiêu chí đánh giá

Cách xác định rủi ro

1

Kê khai thuế quá hạn

Doanh nghiệp nộp hồ sơ thuế trễ hạn kê khai bị đánh giá là có rủi ro cao

2

Phân loại loại hình, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp

Mức độ rủi ro khác nhau tùy theo ngành nghề; các ngành có rủi ro cao (ví dụ: tài chính, bất động sản, xuất nhập khẩu...) sẽ được ưu tiên thanh tra

3

Tỷ lệ biến động thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT)

So sánh tỷ lệ thuế thu nhập doanh nghiệp qua các năm; doanh nghiệp có biến động lớn sẽ trở thành đối tượng thanh tra

4

Tỷ lệ biến động thuế giá trị gia tăng (VAT)

So sánh với kê khai VAT trong quá khứ, nếu có tăng giảm lớn cần lưu ý

5

Tỷ suất lợi nhuận kinh doanh (lợi nhuận kinh doanh ÷ doanh thu)

Nếu tỷ suất lợi nhuận khác biệt đáng kể so với mức trung bình ngành, có thể bị nghi ngờ làm đẹp báo cáo tài chính

6

EBITDA (lợi nhuận trước thuế + chi phí lãi vay) ÷ doanh thu

Doanh nghiệp có giá trị bất thường (cao hoặc thấp) có thể trở thành đối tượng thanh tra chi tiết

7

Lợi nhuận thuần ÷ vốn chủ sở hữu

Nếu tỷ suất lợi nhuận trên vốn chủ sở hữu bất thường thấp hoặc âm, sẽ trở thành đối tượng thanh tra

8

Giá vốn hàng bán ÷ doanh thu

Nếu tỷ lệ giá vốn khác biệt lớn so với mức trung bình ngành, rủi ro bị thanh tra thuế sẽ tăng lên

9

Chi phí bán hàng ÷ doanh thu

Doanh nghiệp có tỷ lệ chi phí quản lý bán hàng cao bất thường có thể tiềm ẩn vấn đề về thuế

5.3．Quy trình sàng lọc rủi ro thuế

Cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp đối tượng thanh tra thông qua một quy trình thẩm định nhiều giai đoạn.

🔍 1. Kiểm tra dữ liệu doanh nghiệp

✅ Xác nhận thông tin doanh nghiệp đăng ký trong hệ thống thuế đã được nhập đầy đủ, chính xác hay chưa
✅ Rà soát xem dữ liệu kê khai có bị thiếu sót hay không

🔍 2. Phát hiện các giá trị bất thường

✅ Phân tích dữ liệu tài chính của doanh nghiệp, kiểm tra xem có số liệu vượt ra ngoài phạm vi thông thường hay không
✅ Kiểm tra xem có mức thuế kê khai cực thấp hoặc cực cao hay không

🔍 3. Phân tích các biến động đột biến của doanh nghiệp

✅ Chọn ra các doanh nghiệp có doanh thu hoặc số thuế nộp tăng giảm đột ngột
✅ Đánh giá xem doanh nghiệp có thể giải trình hợp lý về biến động đó hay không

🔍 4. Đánh giá tình hình tài chính lành mạnh của doanh nghiệp

✅ Doanh nghiệp có khoản lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu bị coi là có khả năng thao túng số liệu thuế
✅ Doanh nghiệp báo lỗ kéo dài trong thời gian dài cũng có thể bị nghi ngờ có giao dịch khống

🔍 5. Sử dụng thông tin từ bên ngoài

✅ Cơ quan thuế cũng thu thập thông tin từ các nguồn dữ liệu bên ngoài để lựa chọn đối tượng thanh tra
📌 Các nguồn thông tin thu thập:

✔️ Bộ Tài chính (hải quan, kho bạc, cơ quan giám sát tài chính)
✔️ Cơ quan kiểm toán (kiểm toán kế toán, kiểm toán của Tổng cục Thuế)
✔️ Hiệp hội ngành nghề, cơ quan truyền thông (báo chí, đài phát thanh, truyền hình...)
✔️ Thông tin tố cáo (tố giác nội bộ, tố cáo từ bên thứ ba)

📢 Tóm tắt

Thanh tra thuế tại Việt Nam là một quy trình mà doanh nghiệp khó có thể tránh khỏi, nhưng nếu chuẩn bị và ứng phó phù hợp, doanh nghiệp hoàn toàn có thể giảm thiểu rủi ro xuống mức thấp nhất. Bài viết này đã phân tích chi tiết về các loại hình, quy trình thanh tra thuế, tiêu chí đánh giá rủi ro và biện pháp ứng phó của doanh nghiệp.

Để chuẩn bị cho thanh tra thuế, doanh nghiệp cần:

✅ Thực hiện kiểm toán nội bộ định kỳ để nhận diện rõ rủi ro thuế
✅ Chủ động phối hợp với chuyên gia thuế (kế toán viên, luật sư) để chuẩn bị biện pháp ứng phó phù hợp
✅ Bình tĩnh xử lý khi nhận được thông báo thanh tra, không cung cấp thông tin không cần thiết
✅ Nếu không đồng ý với kết quả thanh tra, cân nhắc khiếu nại hoặc các biện pháp pháp lý

Thanh tra thuế có ảnh hưởng lớn đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, do đó cần có chiến lược tiếp cận mang tính hệ thống để giảm thiểu rủi ro. Đây chính là lúc doanh nghiệp nên rà soát lại công tác tuân thủ thuế và chuẩn bị các biện pháp ứng phó toàn diện!